חיטוי מאגרי מים הוא תהליך חיוני לשמירה על איכות המים ולמניעת מחלות. מאגרי מים, כגון בריכות, מאגרי מים ציבוריים או מערכות מים ביתיות, עשויים להימנע משימוש אם לא ישמרו בהתאם לתקנים ולדרישות. על מנת להבטיח שמירה על איכות המים, יש לבצע חיטוי תקופתי.
תהליך חיטוי מאגרי מים כולל שימוש בחומרים כימיים, כמו כלור או אוזון, אשר מזהמים בקטריאליים וויראליים במים. חיטוי זה לא רק מסייע במניעת מחלות המועברות במים, אלא גם שומר על הניקיון והצלילות של המים. במאגרים שבהם מים עומדים, סיכון לזיהומים גבוה יותר, ולכן חיטוי נחשב לאלמנט קרדינלי.
במהלך תהליך חיטוי מאגרי מים, חשוב לאזן את כמות החומר המשמש בחיטוי כך שלא יפגע באיכות המים או בבריאות המשתמשים. כלור, לדוגמה, הוא חומר יעיל