חיטוי מערכות מים הוא תהליך המבצע טיהור והורדת חיידקים, וירוסים, פטריות וחומרי זרם אחרים מן המים. חיטוי מערכות מים נחוץ לאחת מהסיבות הבאות: לשמירה על בריאות הציבור, לשימור איכות המים במערכת הצינורות ולמניעת התפשטות מחלות מימיות, וגם לכדי עיבוי בביצוע כימי ניקוי וטיהור של המים.
קיימות כמה שיטות שונות לחיטוי מערכות מים, ותהליך היחיד תלוי בדרישות ובצרכים של המערכת המים הספציפית. לדוגמה, בשיטת החיטוי בקלור, משתמשים בחומרים כימיים מסוימים כדי להפסיק את הפעילות הביולוגית במערכת המים. בשיטת החיטוי באוזון, משתמשים באוזון לחיטוי המים. שיטת חיטוי נוספת היא החיטוי ביריקולור (בשימוש עיקרון מספר חומצות כימיות) והחיטוי בפלור.
בעבר, השיטות האמנותיות לחיטוי מים היו מעט מאוד יעילות ומזיקות ונמשכו עשרות שנים קודם שיחזירו תוצאות ותרחישים רבי-שימושיים. עם השיפורים בטכנולוגיה ובמחקר המדעי, נוצרו שיטות חיטוי מים היעילות והיעילות יותר. ייתכן ובמערכות מים בקורת תהליך חיטוי שבו ציקלון את כל סוגי המיקרואורגניזמים, לספק מים הנקיים.
לבסוף, חשוב להדגיש שחיטוי מים הוא תהליך מרכזי בהקמת ותפעול מערכות מים תקינות ומופחתות סיכוני זיהום. ביצוע חיטוי מתמיד ויעיל מבטיח קידום בריאות הציבור ושמירה על איכות הסביבה, והופך את המים בסביבתנו לבטוחים לשתייה ולשימושים נוספים.