חיטוי מאגרי מים הוא תהליך קריטי לשמירה על איכות המים ואבטחת בריאות הציבור. מאגרי מים, כמו בריכות, מאגרים טבעיים ומערכות מים, עשויים להיות חשופים למפגעים ולזיהומים שונים. חיטוי קבוע של מאגרי מים חשוב כדי למנוע התפשטות חיידקים, נגיפים וטפילים העלולים לגרום למחלות.
ישנם מספר שיטות לחיטוי מאגרי מים, והן תלויות בגודל המאגר, סוג המים ודירוג הזיהום. אחת השיטות הנפוצות היא שימוש באקונומיקה או בחומרים כימיים אחרים, כמו כלור, לתהליך החיטוי. כלור הוא חומר יעיל מאוד בהשמדת מיקרואורגניזמים, וניתן לשלב אותו בכמויות מדויקות כדי לשמור על איכות המים בלי לפגוע בשימושיותם.
שיטה נוספת היא חיטוי באמצעות UV (אולטרה סגול). בשיטה זו נעשה שימוש באור UV שמסוגל להרוס דנ"א של חיידקים ונגיפים, וב